Rezort financií z toho plne akceptoval len 23 a čiastočne 16 pripomienok. Najviac pripomienok zapracovalo Ministerstvo financií SR (MF) do východísk rozpočtu z dielne ministerstva zdravotníctva, kultúry a školstva. V rámci pripomienkového konania sa výdavky budúcoročného štátneho rozpočtu (ŠR) navýšili o 4,6 mld. Sk, čo sa podpísalo pod nárast deficitu rozpočtu štátu aj schodku verejných financií.
Rezort financií akceptoval medzi inými aj požiadavku ministerstva zdravotníctva, aby Veriteľ, a.s. dostal odklad splatnosti návratnej finančnej výpomoci vo výške 3 mld. Sk. Splatenie návratnej finančnej výpomoci od Všeobecnej zdravotnej poisťovne vo výške 3 mld. Sk bude závisieť od spôsobu umorenia dlhu zdravotných poisťovní a zdravotníckych zariadení prostredníctvom Veriteľa. Úspešná bola aj pripomienka rezortu zdravotníctva, aby sa v rozpočtovej kapitole Ministerstva školstva SR (MŠ) vyčlenilo 700 mil. Sk na praktickú výučbu študentov lekárskych a ošetrovateľských fakúlt.
Rezortu školstva sa podarilo presadiť niekoľko pripomienok týkajúcich sa financovania regionálneho školstva. Medzi nimi bola aj požiadavka, aby sa na základe spresnenia počtu žiakov regionálneho školstva upravili objem miezd pre zamestnancov regionálneho školstva. MŠ žiadalo aj garantované minimum výdavkov na regionálne školstvo a kritizovalo nedostatočné financovanie vedy. Požiadavka na zvýšenie rozpočtu verejných vysokých škôl minimálne o 835,6 mil. Sk a v ďalších rokoch zvýšenie dotácie zo ŠR medziročne približne o 1,5 mld. Sk, čo predstavuje 0,1 % hrubého domáceho produktu (HDP) nebola plne akceptovaná. Navrhované výdavky pre verejné vysoké školy na rok 2005 totiž medziročne porastú len o 560,2 mil. Sk.
Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny SR (MPSVR) požiadalo o zmenu návrhu rozpočtu Sociálnej poisťovne. Žiadalo prehodnotiť aj kvantifikáciu výdavkov na aktívnu politiku trhu práce. Pripomienku ministerstva akceptovalo MF len čiastočne, keď limit výdavkov kapitoly ministerstva hospodárstva na rekvalifikácie v roku 2005 znížili o 400 mil. Sk a v roku 2006 o 325 mil. Sk a na uvedený účel v rovnakom objeme zvýšil limit výdavkov kapitoly MPSVR. Presun zdrojov sa týka výdavkov na investíciu PSA Peugeot Citroën. Obdobné výdavky na investíciu KIA+HYUNDAI sú už v návrhu východísk riešené v kapitole MPSVR.
Schodok budúcoročného ŠR sa po prvých úpravách zvýšil o 4,6 mld. Sk na 57,4 mld. Sk. Celkové príjmy ŠR by mali predstavovať 287,5 mld. Sk a celkové výdavky 344,9 mld. Sk. Schodok verejných financií vypočítaný podľa metodiky ESA 95 by mal dosiahnuť v budúcom roku 3,9 % predpokladaného HDP, čo zodpovedá deficitu verejného rozpočtu vo výške 54 mld. Sk. V prípade nezapočítania nákladov dôchodkovej reformy by deficit verejných financií predstavoval len 3,2 % HDP.
