ýva z údajov zverejnených ministerstvom, nedostatok v najvyššej hodnote zistila kontrola u Železníc SR, ktoré použili úver vo výške 880,8 mil. Sk na iné účely, ako to schválila vláda. Úrad pre verejné obstarávanie SR porušil zákon o účtovníctve, nesprávne vykazoval bežné výdavky a nesprávne evidoval majetok PHARE. Zistenia na úrade vyčíslil kontrolný odbor MF v sume 81,3 mil. Sk
Na ministerstve obrany zistila kontrola porušenie rozpočtovej disciplíny v objeme 79 mil. Sk, kontrolovaný subjekt tiež neoprávnene použil prostriedky na rozpočtový program Sanačné a monitorovacie práce v sume 1,4 mil. Sk. Ministerstvo školstva porušilo rozpočtovú disciplínu v sume 8,2 mil. Sk tým, že nedodržalo účelovosť rozpočtových prostriedkov. Krajský úrad Nitra financoval kapitálové výdavky z bežných výdavkov v sume asi 100 tis. Sk, pričom nedôsledne kontroloval aj vyúčtovanie dotácií.
Zákon o účtovníctve porušilo ministerstvo výstavby a regionálneho rozvoja v sume 1,2 mil. Sk a účtovníctvo nesprávne viedli aj na ministerstve spravodlivosti a krajskom úrade v Žiline. Častým nedostatkom je aj nedôsledné vykonávanie predbežnej finančnej kontroly a nevykonanie vnútorného auditu.